En el marco de la Conferencia de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente y Desarrollo, mejor conocida como “La Cumbre de la Tierra”, realizada en Río de Janeiro, Brasil en junio de 1992, la Organización de las Naciones Unidas para el Desarrollo Industrial (ONUDI) y el Programa de Naciones Unidas para el Medio Ambiente (PNUMA) impulsaron la creación de Centros Nacionales de Producción Más Limpia (CNPL) para promover la producción más limpia (P+L), definida por el PNUMA en 1989, como la aplicación continua de una estrategia ambiental preventiva integrada a los procesos, productos y servicios para aumentar la eficiencia global y reducir los riesgos para los seres humanos y el medio ambiente. Es así, como a través de la P+L se comenzó a promover el uso sustentable de los recursos naturales y la energía, así como la reducción de las emisiones y generación de residuos desde la fuente. El proyecto de creación de los CNP+L inició con 8 Centros a nivel mundial.

En México, el Centro Mexicano para la Producción Más Limpia (CMP+L) se estableció el 15 diciembre de 1995 en el Instituto Politécnico Nacional (IPN) mediante un convenio, firmado por el Ing. Diódoro Guerra, Director General del IPN y A. Tcheknavorian-Asenbauer, Director de Sectores Industriales y División Ambiental de la ONUDI, para establecer el CMP+L en el documento modalidad de operación, como parte del Proyecto Mundial de creación de CNP+L. El CMP+L inició sus funciones en marzo de 1996, en el primer piso de los laboratorios pesados de la Escuela Superior de Física y Matemáticas (ESFM), en la Unidad Profesional Adolfo López Mateos en Zacatenco.

El 29 de marzo de 1996, se publicó el acuerdo por el que se estableció el CMP+L como parte del IPN, en la Gaceta Politécnica, número 373. EL CMP+L fue la primera institución, en México, que promovía la P+L como una estrategia de prevención de la contaminación y lo hizo a través de capacitación y proyectos demostrativos de P+L. Al inicio, se realizaron proyectos de P+L a empresas del sector químico, alimentos y bebidas, fundición, galvanoplastia, rastros, cementera, petroquímica, textil, azucarera, de muebles; así como a hospitales, hoteles, restaurantes, escuelas, zoológicos y bancos, y se generaron guías de P+L. Durante los primeros años, además del financiamiento del IPN y de la ONUDI, se contó con el apoyo de la Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID).

Al inicio, el CMP+L dependió de la Coordinación General de Vinculación Académica y Tecnológica del IPN y, después pasó a formar parte de la Secretaría de Investigación y Posgrado (SIP). Esto implicó que el CMP+L instituyera la maestría en Ingeniería en Producción más Limpia (MIP+L). En el año 2006, el H. XXIV Consejo General Consultivo en su undécima sesión ordinaria, celebrada el 31 de agosto de 2006, aprobó el plan y programa de estudios de la MIP+L, publicándose en la Gaceta Politécnica número extraordinario 640, Vol. 9, el 30 de septiembre de 2006. Sin embargo, el cambio del CMP+L a la estructura orgánica de la SIP fue aprobado por el H. XXV Consejo General Consultivo el 31 de julio de 2007, publicándose en la Gaceta Politécnica número extraordinario 661, el 16 de agosto de 2007.

También, en 2006 y con el respaldo del CMP+L, el H. XXIV Consejo General Consultivo en su décima sesión ordinaria, celebrada el 31 de agosto de 2006, aprobó el acuerdo por el que se estableció el Centro Regional Producción más Limpia Unidad Tabasco, del Instituto Politécnico Nacional, publicándose en la Gaceta Politécnica número extraordinario 636, Vol. 9, del 31 agosto de 2006.

En febrero del 2007, a 10 años de la creación del CMP+L, el Dr. Enrique Villa Rivera, Director General del IPN, inauguró las instalaciones del CMP+L. La obra fue constituida por más de 1800 m2 de construcción, que se asentó en un terreno de 2800 m2. Contó con un auditorio, biblioteca, área de laboratorio, aulas y centro de cómputo. La inversión de la construcción fue del orden de los 20 millones de pesos (Gaceta Politécnica, 648, vol. 10, 28 de febrero de 2007).

En mayo de 2009, el CMP+L adicionó en su estructura orgánica el Decanato, el Comité Interno de Proyectos y la Subdirección de Capacitación se volvió Subdirección de Posgrado.

En el año 2016, el H. Consejo General Consultivo en su sesión ordinaria celebrada el 27 de enero de 2016, aprobó el acuerdo por el que se dispone la autorización del plan y programa de estudios del Doctorado en Energía a impartirse en la Escuela Superior de Física y Matemáticas (ESFM), la Escuela Superior de Ingeniería Mecánica y Eléctrica (ESIME), unidades Zacatenco y Culhuacán, el Centro de Investigación en Ciencia Aplicada y Tecnología Avanzada (CICATA), unidad Querétaro, y el Centro Mexicano para la Producción más Limpia (CMP+L) del Instituto Politécnico Nacional, publicándose en la Gaceta Politécnica extraordinaria, 1229, vol. 17, 31 de marzo 2016.

El 19 de abril de 2017, la MIP+L ingresó al Programa Nacional de Posgrados Calidad (PNPC) del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT). En este mismo año, se creó el Laboratorio Nacional de Desarrollo y Aseguramiento de la Calidad de Biocombustibles (LaNDACBio) con sede en el CMP+L como parte de los Laboratorios Nacionales del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACyT). En 2018 obtiene la certificación de su Sistema de Gestión de la Calidad bajo la norma ISO 9001:2015 con DNV GL, cuyo alcance incluyó los procesos de investigación, formación de recursos humanos y servicios externos, la cual mantuvo hasta el 2020. El LaNDACBio fue acreditado por la entidad mexicana de acreditación (EMA) como laboratorio de ensayo para la rama de Química el 27 de enero del 2022. En la actualidad, el LanDACBio realiza investigación, desarrollo tecnológico, formación de recursos humanos y ofrece consultoría y servicios analíticos en materia de biocombustibles y tiene el reconocimiento como Laboratorio Nacional por parte de la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI) y cuenta con 5 métodos acreditados por parte de la EMA.

En el año 2020, se modifica la estructura organizacional de CMP+L, desapareciendo la Subdirección Técnica, la Subdirección de Vinculación, la Subdirección de Posgrado y la Jefatura de Sistemas de Banco de Datos; pero se conformaron la Subdirección Académica, Subdirección Técnica y de Vinculación, la Subdirección Administrativa, y cuatro departamentos que son: informática, Investigación y Posgrado, Unidades Foráneas, Coordinación de Enlace y Gestión Técnica. Además. También, desaparece la estructura orgánica del Centro Regional de Producción más Limpia-Unidad Tabasco y se convirtió en una Unidad Foránea del CMP+L.

En el año 2025, el XLIII H. Consejo General Consultivo en su Novena Sesión Ordinaria celebrada el 30 de junio de 2025, aprobó el acuerdo del diseño de la maestría y el doctorado en Ciencia y Tecnología para la Transición Energética vigente a partir del periodo escolar 26/2 a impartirse en el Centro Mexicano para la Producción más Limpia (CMP+L), la Escuela Superior de Ingeniería Química e Industrias Extractivas (ESIQIE), la Escuela Superior de Ingeniería Mecánica y Eléctrica (ESIME) unidad Azcapotzalco, la Unidad Profesional Interdisciplinaria de Energía y Movilidad (UPIEM), la Unidad Profesional Interdisciplinaria de Ingeniería Campus Hidalgo (UPIIH) y el Centro Interdisciplinario de Investigación para el Desarrollo Integral Regional (CIIDIR) unidad Oaxaca del Instituto Politécnico Nacional, publicándose en la Gaceta Politécnica extraordinaria 1908 del 17 de diciembre de 2025.

En la actualidad, el CMP+L continúa promoviendo la producción más limpia a través de tres ejes que son 1) la formación de recursos humanos a nivel posgrado, 2) el desarrollo de proyectos de investigación, desarrollo tecnológico e innovación y 3) la capacitación y desarrollo de proyectos vinculados con el sector social, a quien se le proponen soluciones de ingeniería.